Kesin tedavi şekli enfekte olmuş appendiksi çıkarmak, oluşan apseyi temizlemektir. Tıptaki ismi appendektomi olan bu ameliyatın günümüzde açık ve laparoskopi olmak üzere iki yöntemi mevcuttur. Açık apandisitte, sağ alt karından yapılacak bir kesiyle hastalıklı doku çıkarılır ve bölge iyice temizlenir.
Laparoskopik yöntemde, göbekten yerleştirilen kamera ile sağ ve soldan yerleştirilen iki alet yardımıyla apendektomi yapılır.
Ameliyat sonrası dönem, ameliyatın hangi dönemde yapıldığıyla yakından ilgilidir. Erken evrelerde yapılan apendektomilerde sıklıkla bir iki gün içerisinde hasta taburcu edilebilmekteyken, geç patlamış evrelerde bu dönem bir haftayı bulabilmektedir. Yine de her çocuk farklı tepkiler verebilmektedir.
Ameliyattan sonra ölüm oranı son zamanlarda, antibiyotiklerin etkinliğinin artması ve tanı yöntemlerinin güçlenmesiyle %0.5 seviyelerine inmiştir. Appendektomi sonrası cilt enfeksiyonları %3 gibi bir oranda görülmekte ve kolaylıkla tedavi edilebilmektedir. Özellikle patlamış apandisit sonrası görülebilen karın içi apseler de kolaylıkla tomografi veya ultrason altında boşaltılarak tedavi edilebilmektedir. Apendektomi sonrası görülebilen ince bağırsak yapışıklıkları da %1-3 arasında görülebilmektedir.
